里昂·蒙泰拿（尚·雷諾飾）是意大利裔美国人頂尖殺手，孤身一人在紐約小意大利为身為同鄉的意大利餐廳老板東尼（丹尼·艾洛飾）執行“清潔工作”：清除社區內的惡棍。里昂時時戒備，連睡覺都坐在沙發睡。沒有個人生活、僅愛獨自看老電影、養一盆萬年青當唯一的好朋友。他一日於自家公寓內遇到年僅12歲卻偷溜出門抽菸的鄰居女孩瑪蒂達·蘭度（娜塔莉·波曼飾），里昂應允替瑪蒂達保守這個秘密；發現她臉上有被毆打的痕跡時，遞給她手帕以示安慰。
瑪蒂達與父親及繼母、繼姊、繼弟同住，其家庭功能失調。瑪蒂達逃學過甚，將被送到感化學校去。所有比她年長的家庭成員都對她行使肢體或精神暴力，只有4歲的弟弟與她感情深厚。繼姊會為了小事而毆打馬蒂達；繼母賣淫且無視家暴行為；父親亦家暴次女，如今的他因黑吃黑緝毒署黑警託管的毒品而惹禍上身，遭全家滅門–適逢瑪蒂達獨自出門購物，順便幫留下好印象的里昂買牛奶。她回家時正見父親陳屍門口內，一時不敢相認，強忍驚懼地逕直走去敲里昂的門。從窺孔中看見一切的里昂猶豫良久，終於還是開門。
里昂逗悲傷的瑪蒂達開心，聽她傾訴。也被瑪蒂達發現他的真實工作。里昂打算趁她睡著時滅口，卻下不了手。第二天早上，里昂趕她離開，瑪蒂達表示無處可去並要求里昂收留她教她本事，里昂丟給她一把槍要她出去，瑪蒂達欲趁機證明自己可以開槍而對窗外胡亂掃射–然而里昂認為她引起的動靜太大，只好帶著她搬離公寓。
兩人轉移陣地後，里昂發現這個機伶的女孩還是有點用。里昂開始教她初步的殺手技巧，並強迫瑪蒂達喝牛奶與戒菸；瑪蒂達幫里昂做家務並教他識字。兩人在文化認識上毫無交集，瑪蒂達卻還是將他當成愛侶並向他表白。里昂不知如何面對這份突如其來的感情，卻也逐漸打開心扉，告訴瑪蒂達自己悲痛的初戀往事、飄洋到美國成為與父親一樣的殺手、為什麼將盆栽當朋友：「它永遠都很開心，從不問問題，而且也跟我一樣—無根。」以及為什麼只坐著睡。後來還交代東尼，如果自己出事，要將所掙的錢全留給瑪蒂達。
瑪蒂達偷偷回到已成命案現場的家裡取回家人生前存起的私房錢，適逢警察到場查案問話，湊巧偷聽到帶頭殺死其家人的黑警頭子史丹菲爾的身份及辦公處所。瑪蒂達裝扮成送貨小妹，孤身遣入緝毒署內欲報仇，卻遭識破並被抓起來。“清潔”完史丹菲爾的手下後，回家的里昂見到瑪蒂達留的字條及留給他的全部錢財後，趕往救人。
由於與黑幫交涉的手下遇刺，自己又被殺上門來，史丹菲爾找上東尼並挾持其家人，以逼問里昂的下落。隔天，埋伏於門外的特警挾持瑪蒂達想騙里昂開門，卻因瑪蒂達故意報錯暗號而遭里昂反擊。里昂救回瑪蒂達後，史丹菲爾命特警傾巢而出，並帶上榴彈發射器等重武器。
里昂持斧破開牆內的通風管道，然而空間不足，只有體型較小的瑪蒂達能勉強通過，里昂讓她帶著盆栽經由管道逃生去找東尼，兩人在生死關頭彼此互訴衷情。房門遭重武器轟開後，里昂趁煙霧迷漫之際穿戴上特警的面罩、制服、及裝備，冒充受傷的特警隊員混出重圍，但仍被史丹菲爾識破，背後中槍倒地。瀕死的里昂乘史丹菲爾近前探視之機，引爆裝身上的手榴彈同歸於盡。
里昂死後，馬蒂達請求東尼像當初收留里昂一樣收留自己成為殺手，東尼立刻戳破她已成年的謊言，隨後以瑪蒂達年齡還小為由，建議先由他保管里昂留給她的錢，需要錢時再來找他。瑪蒂達獨自乘坐纜車來到了位於羅斯福島上的感化學校請求收留，並將里昂生前唯一的朋友—那盆萬年青移出了窄小的花盆—栽種在樹蔭下的大地，里昂終得落葉歸根。